Funkcja izolatorów jest kierunkowa, co odkryto w eksperymentach z muszkami owocowymi. gypsy został wstawiony do żółtego locus y Drosophila melanogaster, co spowodowało inaktywację genu y w niektórych tkankach, ale gen y był nadal aktywny w niektórych tkankach, ponieważ na jednym końcu cyganki znajdowała się sekwencja izolatora. gypsy będzie miało różny wpływ na aktywność genu, gdy gypsy zostanie wstawiony w różnych miejscach locus y. Dzieje się tak, ponieważ aktywność genu y jest regulowana przez cztery wzmacniacze. Kiedy izolator jest włożony tuż przed promotorem, blokuje aktywację genów w tkankach blaszki skrzydła i naskórka ciała (z wzmacniacza znajdującego się powyżej). Ale nie blokował ekspresji genu y (z dalszego wzmacniacza) w szczecinie i pazurach dalekich.
Ponieważ niektóre wzmacniacze znajdują się w górę, a niektóre w dół od promotora, działanie izolatora nie zależy od położenia izolatora względem promotora. Dlatego przyczyna kierunkowości efektu izolatora nie jest tak naprawdę zrozumiała. Stwierdzono, że dwa loci wpływają na funkcję izolatora w sposób transaktywacyjny. Nukleoproteina kodowana przez gen S2J(Hw) rozpoznaje izolator i dopiero po związaniu się z nim izolator działa izolująco. Kiedy ten gen jest zmutowany, efekt izolacji zostaje utracony pomimo wstawienia izolatora w locus y, a y jest wyrażane we wszystkich tkankach. Innym locus jest mod (mdg 4). Po mutacji tego genu jego działanie jest dokładnie odwrotne do Su(Hw), czyli mutanty te wzmacniają efekt izolacyjny, przez co efekt izolacyjny izolatora nie jest już kierunkowy i rozszerzony, czyli blokuje działanie wzmacniaczy zarówno na strony górne i dolne.
